Die gastroenterologische Funktionsdiagnostik verfügt über ein umfangreiches Repertoire zur Untersuchung von Verdauungs- und Stoffwechselvorgängen überwiegend des Magen- und Darmtraktes als mögliche Ursache von Funktionsstörungen. Damit werden insbesondere Beschwerden wie Sodbrennen, z. T. chronischer Reizhusten und sonst nicht erklärbare Asthma-Anfälle, anhaltende Bauchsymptome wie Blähungen (Meteorismus), Übelkeit, Durchfälle (Diarrhoe), abgehende Winde (Flatulenzen), Bauchschmerzen sowie Schluckstörungen (Dysphagie) und Stuhlinkontinenz hinsichtlich ihrer Ursache abgeklärt. Sie ergänzen endoskopische und feingewebliche (histologische) Untersuchungen von Speiseröhre, Magen, Dünn- und Dickdarm.
Eine weitere Ergänzung der Diagnostik von Erkrankungen des Verdauungstraktes stellt die Videokapselendoskopie dar, die durch detaillierte Aufnahmen von Magen und Dünndarm mögliche Blutungsquellen, Entzündungen, Schleimhautveränderungen oder Tumore detektieren kann.